Trong một hệ sinh thái, các sinh vật đều trực tiếp hay gián tiếp ảnh hưởng lẫn nhau. Ảnh hưởng gián tiếp là ảnh hưởng thông qua các yếu tố sinh thái khác của môi trường. Ảnh hưởng trực tiếp giữa các sinh vật chủ yếu dưới dạng quan hệ về nơi ở và tổ sinh thái. Hai cá thể sống trong tự nhiên (cùng một nơi) có thể có $8$ kiểu quan hệ với nhau tùy theo mức độ lợi, hại khác nhau như sau:
- Bàng quan: khi cả $2$ loài không ảnh hưởng gì đến nhau. Ví dụ, các cây trong rừng và con báo;;
- Cạnh tranh: khi cả $2$ loài đều bị hại. Ví dụ, cá chuối và cá vược tranh nhau thức ăn;
- Cộng sinh: cả $2$ loài đều có lợi khi cần thiết phải sống với nhau. Ví dụ, tảo cộng sinh với nấm thành địa y.
- Hợp sinh: cả $2$ loài đều có lợi, nhưng không nhất thiết phải sống với nhau. Ví dụ, con sáo và con bò;
- Hội sinh: khi một loài có lợi còn loài kia không ảnh hưởng gì. Ví dụ: cây họ Đậu với vi khuẩn cố định đạm sống ở rễ đậu;
- Hãm sinh: khi một loài không bị ảnh hưởng gì, còn một loài kia bị hại. Ví dụ, nấm và vi khuẩn hại;
- Kí sinh: khi một loài có lợi còn loài kia bị hại trong mối quan hệ bắt buộc. Ví dụ, con sán và con lợn;
- Vật ăn thịt và con mồi: khi một loài có lợi còn loài kia bị hại. Ví dụ, con hổ và con hươu.
Các yếu tố hữu sinh trong hệ sinhh thái có ảnh hưởng lớn đến các sinh vật là chuỗi thức ăn. Trong đó, động vật có thể ăn thực vật như côn trùng, trâu bò hoặc có thể ăn động vật khác như hổ, báo. Thực vật hay động vật làm thức ăn lại chịu ảnh hưởng của các yếu tố vô sinh và hữu sinh khác của môi trường. Do vậy, mối quan hệ giữa sinh vật ăn và sinh vật bị ăn, sinh vật ăn thịt và con mồi diễn ra rất phức tạp. Trong quá trình tiến hóa cả sinh vật và sinh vật ăn thịt đều có cách thích nghi riêng để tồn tại. Số lượng của chúng thường dao động lên xuống và dựa vào hiệu quả tiêu diệt nhau trong một trạng thái cân bằng tương đối được gọi là cân bằng động.
Sự cạnh tranh cũng là một yếu tố hữu sinh rất có ý nghĩa đối với sinh vật. Nó có thể diễn ra giữa các cá thể cùng loài hoặc khác nhau. Sự cạnh tranh cùng loài thường thể hiện ở tập tính chiếm cứ lãnh thổ, tranh giành đực cái, ăn thịt lẫn nhau... Ví dụ, cá vược mẹ có thể ăn con của nó. Mật độ quần thể càng lớn thì sự cạnh tranh cùng loài càng diễn ra gay gắt. Sự cạnh tranh cùng loài dẫn đến sự phân hóa về nơi ăn, chỗ ở và như vậy nó góp phần vào sự tiến hóa của loài. Sự cạnh tranh khác loài là sự cạnh tranh diễn ra giữa $2$ hay nhiều loài chung sống trong một hệ sinh thái để đảm bảo sự tồn tại của mình. Các loài càng có nguồn gốc, họ hàng gần nhau thì sự cạnh tranh càng gay gắt. Sự cạnh tranh khác loài có thể dẫn đến sự diệt vong của loài kém thích ứng; đó là nguyên lí hủy diệt trong cạnh tranh. Sự cạnh tranh khác loài đã ảnh hưởng đến sự phân bố địa lí, sự phân hóa tổ sinh thái, đã ảnh hưởng đến sự phân bố địa lí, sự phân hóa tổ sinh thái, nơi ở... và đó cũng là cơ sở cho sự tiến hóa trong sinh giới.