Nước ngọt có nồng độ muối thấp khoảng $50‰- 5‰$ , có hệ sinh thái nước đứng và hệ sinh thái nước chảy.
Hệ sinh thái nước đứng, gồm có vực nước đứng (ao, hồ, đầm lầy, ruộng). Nhiệt độ nước thay đổi phụ thuộc vào nhiệt độ không khí. Ao thường nông hơn đầm, nên hay bị khô cạn theo từng thời kì nhất định. Hồ thường sâu hơn ao và đầm.
Ánh sáng chiếu vào tầng nước trên, nên lớp trên đủ ánh sáng, còn lớp dưới thiếu ánh sáng, nhiệt độ ổn định khoảng $4^0C$. Về động vật có động vật nổi, động vật đáy, về thực vật có thực vật nổi bồng bềnh (bèo) và thực vật thủy sinh có rễ ăn xuống đáy.
Hệ sinh thái nước chảy, gồm có sông, suối. Đặc điểm quan trọng của sông là chế độ nước chảy, chế độ nhiệt và nồng độ muối khoáng hòa tan. Các quần xã sinh vật nước không đồng đều giữa thượng lưu và hạ lưu. Vùng hạ lưu nước chảy chậm hơn; hệ thực vật phát triển phong phú với nhiều lài thực vật có hoa; hệ động vật có nhiều động vật nổi (cá chép, diếc, mè...) và có cả các loài cá biển (cá mòi, cá chày...). Các loài cá mương, cá nheo, cá măng phân bố rộng từ thượng lưu tới hạ lưu.
Suối thường có chế độ nước mạnh hơn. Quần xã sinh vật nước thường giống với sinh vật ở thượng lưu sông.